Po šaknų kanalų gydymo galimos šios komplikacijos:
- Trumpalaikis danties jautrumas ar skausmas po gydymo, ypač kramtant – paprastai praeina per kelias dienas.
- Patinimas, dantenų jautrumas ar uždegimas dėl likusios infekcijos ar sudirgintų audinių aplink danties šaknį.
- Kanalų perpildymas ar neišvalymas – gali vystytis pakartotinė infekcija, pūlinys ar skausmas.
- Danties sienelės ar šaknies lūžis – kartais dantis tampa trapesnis, ypač jei buvo smarkiai pažeistas prieš gydymą.
- Spalvos pokytis – gydytas dantis gali patamsėti, tačiau šį defektą galima koreguoti estetinėmis priemonėmis.
- Retais atvejais – alerginė reakcija į naudojamas medžiagas ar anestetiką. Nepilnai užpildyti kanalai ar papildomi, nepastebėti kanalai gali sukelti ilgalaikių problemų ir reikalauti pakartotinio gydymo.