Šaknų kanalų gydymas negalimas arba nerekomenduojama atlikti šiais atvejais:

  1. Dantis yra smarkiai pažeistas, likusi per mažai sveikų audinių, kad jį būtų galima atkurti – tokiu atveju dantį geriau šalinti.
  2. Esant nepagydomam stipriam uždegimui ar cistai, kai infekcija jau pažeidusi aplinkinius audinius ar kaulą, ir išgydyti danties nebeįmanoma.
  3. Jei danties šaknų kanalų neįmanoma tinkamai išvalyti dėl itin sudėtingos ar nepasiekiamos šaknų anatomijos, rezultatas gali būti ne 100% sėkmingas.
  4. Jei pacientas turi labai blogą bendrą sveikatos būklę (pavyzdžiui, negydoma nekontroliuojama cukrinio diabeto forma, aktyvi infekcija ar stipriai nusilpęs imunitetas), ir gydymas keltų riziką gyvybei ar sveikatai.